மருத்துவ பரிசோதனைகளின் இதழ்
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

TCGA, GTEx மற்றும் GEO தரவுத்தளத்தின் ஒருங்கிணைந்த பகுப்பாய்வின் மூலம் பெருங்குடல் புற்றுநோயைக் கண்டறிதல் மற்றும் முன்கணிப்புக்கான மெத்திலேஷன் இயக்கப்படும் பயோமார்க்ஸர்களை அடையாளம் காணுதல்

லிச்சாவ் காவ், யிங் பா, ஜின் யாங்*, ஹெஸி ஜாங்*

பின்னணி: புற்றுநோய் ஜீனோம் அட்லஸ் (TCGA), ஜீனோடைப்-டிஷ்யூ எக்ஸ்பிரஷன் திட்டம் (GTEx) மற்றும் தி கேன்சர் ஜீனோம் அட்லஸ் (TCGA) ஆகியவற்றில் இருந்து டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் மற்றும் மரபணு வெளிப்பாடு தரவுகளை சுரங்கப்படுத்துவதன் மூலம் பெருங்குடல் புற்றுநோயின் (CRC) நோயறிதல் மற்றும் முன்கணிப்புக்கான மெத்திலேஷன் இயக்கப்படும் பயோமார்க்ஸர்களின் பயன்பாட்டை இந்த வேலை ஆராய்கிறது. ஜீன் எக்ஸ்பிரஷன் ஆம்னிபஸ் (GEO).

முறைகள்: டிஃபரன்ஷியலி எக்ஸ்பிரஸ்டு ஜீன்கள் (டிஇஜி) மற்றும் டிஃபெரன்ஷியலி மெத்திலேட்டட் ஜீன்கள் (டிஎம்ஜிக்கள்) முறையே டிசிஜிஏவில் இருந்து எம்ஆர்என்ஏ வெளிப்பாடு மற்றும் டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் தரவைப் பயன்படுத்தி திரையிடப்பட்டது. சிஆர்சியின் மெத்திலேஷன் டிரைவன் ஜீன்கள் (எம்டிஜிக்கள்) மீதில்மிக்ஸ் ஆர் தொகுப்பைப் பயன்படுத்தி மேலும் அடையாளம் காணப்பட்டன. பின்னர், MCGA மற்றும் GTEx இலிருந்து mRNA வெளிப்பாடு தரவைப் பயன்படுத்தி நோய் கண்டறிதல் முன்கணிப்பு மாதிரிகளை சுயாதீன குறிகாட்டிகளாக நிறுவ, ரேண்டம் ஃபாரஸ்ட் (RF), சப்போர்ட் வெக்டர் மெஷின் (SVM) மற்றும் லாஜிஸ்டிக் ரிக்ரஷன் (LR) அல்காரிதம்கள் மூலம் MDGகள் பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்டன. RF அல்காரிதம் மிகவும் பொருத்தமானது என தீர்மானிக்கப்பட்டது மற்றும் ஒருங்கிணைந்த MDGகளுடன் கண்டறியும் மாதிரியை உருவாக்கப் பயன்படுத்தப்பட்டது, இது GEO இலிருந்து GSE39582 ஆல் சரிபார்க்கப்பட்டது. ஒரே மாதிரியான மற்றும் பலவகையான காக்ஸ் பின்னடைவு பகுப்பாய்வுகளால் உருவாக்கப்பட்ட ஆபத்து மதிப்பெண் மாதிரியை நிறுவ முன்கணிப்பு பயோமார்க்ஸ் பயன்படுத்தப்பட்டது. மேலும், ஆபத்து மதிப்பெண் மற்றும் வயது, பாலினம் மற்றும் கட்டி நிலை உள்ளிட்ட மருத்துவத் தகவல்களை ஒருங்கிணைக்கும் நோமோகிராம் ஒன்றை உருவாக்கி சரிபார்த்தோம்.

முடிவுகள்: 10ல் 9 MDGகள் சுயாதீனமான கண்டறியும் முன்கணிப்பாளர்களாக சிறப்பாகச் செயல்பட்டன, மேலும் STK33 மற்றும் EPHX4 ஆகியவை ஒட்டுமொத்த உயிர்வாழ்வோடு (OS) தொடர்புடையதாகக் கண்டறியப்பட்டது. நோமோகிராமின் முடிவுகள், ரிஸ்க் ஸ்கோர் மாதிரியை விட முன்கணிப்புக்கான சிறந்த முன்கணிப்பு மாதிரி என்று கூறுகின்றன.

முடிவு: அடையாளம் காணப்பட்ட MDGகள் CRC இன் நோயறிதல் மற்றும் முன்கணிப்புக்கான பயோமார்க்ஸர்களாக இருக்கலாம் என்று எங்கள் கண்டுபிடிப்புகள் தெரிவிக்கின்றன.