ஜர்னல் ஆஃப் புரோட்டியோமிக்ஸ் & பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

மங்பீன் மஞ்சள் மொசைக் இந்தியா வைரஸ்-Ub05 இன் கோட் புரதத்திலிருந்து MHC பைண்டிங் பெப்டைடுகள் மற்றும் எபிடோப்களின் கணிப்பு

சரிகா, முகமட். அக்ரம், எம்.ஏ.இக்யூபால் மற்றும் நைமுதீன் கே

முங்பீன் மஞ்சள் மொசைக் இந்தியா வைரஸ் (MYMIV) பொருளாதார ரீதியாக முக்கியமான வைரஸ்களில் ஒன்றாக அங்கீகரிக்கப்பட்டுள்ளது, இது வெண்டைக்காய், உளுந்து, கவ்பி, புறா போன்ற பல பருப்பு பயிர்களை பாதிக்கிறது மற்றும் இந்திய துணைக் கண்டத்தில் ஏற்படுகிறது. தற்போதைய ஆய்வில், MYMIV இன் கோட் புரதம் மிகவும் பொருத்தமான MHC பிணைப்பு பெப்டைடுகள் மற்றும் எபிடோப்களைக் கண்டறிய பயன்படுத்தப்படுகிறது. கேஸ்கேட் சப்போர்ட் வெக்டர் மெஷினை (SVM) பயன்படுத்தி முப்பத்தி ஒன்பது பெப்டைட் பகுதிகள் TAP பைண்டிங் பெப்டைடுகளுக்கு அதிக அளவு பொருத்தம் இருப்பது கண்டறியப்பட்டது. இந்த கோட் புரதம் TAP டிரான்ஸ்போர்ட்டர்களில் சில 201- NRFFKVNNY மதிப்பெண் 9.208, 108- KRFCIKSVY மதிப்பெண் 8.817, 44-RWTNRPMWR மதிப்பெண் 8.790, 134- NTVMFKLCR உடன் மதிப்பெண் 8.672 மற்றும் NTVMFKLCR மதிப்பெண் 8.67 8.498 மதிப்பெண்கள் குறிப்பிட்ட நிலையில் உள்ள ஒரு அமினோ அமிலத்தின் சராசரி அஃபினிட்டியை அடிப்படையாகக் கொண்டவை. ஊதாரித்தனமான MHC வகுப்பு II பைண்டர்களின் கணிப்புக்கான SVM அடிப்படையிலான முறை MHCII-IAb பெப்டைட் பகுதிகள், 30- PASAGGVPT, 127-IKSKNHTNT, 44-RWTNRPMWR, 6-YDTAFSTPI, (உகந்த மதிப்பெண் 1); MHCII-IAd பெப்டைட் பகுதிகள், 226-NALLLYMAC, 30-PASAGGVPT, 32-SAGGVPTNM, 236- HASNPVYAT, (உகந்த மதிப்பெண் 0.620); MHCII-IAg7 பெப்டைட் பகுதிகள், 13-PISNARRRL, 212- YNHQEAAKY, 221-ENHTENALL, 209-YVVYNHQEA, (உகந்த மதிப்பெண் 1.569) மற்றும் MHCII- RT1.B 22LL-3 பகுதிகள், 18 TGGQYACKE, 168- TVKNDLRDR, 4-RTYDTAFST, (உகந்த மதிப்பெண் 0.932) கோட் புரதத்திலிருந்து சாத்தியமான பைண்டர்கள். இந்த ஆய்வில் கண்டறியப்பட்ட 56-FYRLYRSPDVPRGCEGPCKVQSF–78, 206-VNNYVVYNHQ-215 மற்றும் 108-KRFCIKSVY மற்றும் 108-KRFCIKSVY ஆகியவை MYMI வைரஸின் கோட் புரதத்தில் உள்ள ஸ்பெசி ஃபை சி ஆன்டிபாடிகளை உருவாக்குவதற்கு மிகவும் பொருத்தமான கணிக்கப்பட்ட பகுதிகளாகும். இந்த அணுகுமுறையின் மூலம் அடையாளம் காணப்பட்ட துண்டுகள் உயர்-செயல்திறன் பைண்டர்களாக இருக்கும், இதில் பெரிய மூலக்கூறுகளுடன் ஒப்பிடும்போது அவற்றின் அணுக்களின் பெரும்பகுதி நேரடியாக பிணைப்பில் ஈடுபட்டுள்ளது. எனவே, இந்த துண்டுகள் குறுக்கு பாதுகாப்பில் பயன்படுத்தப்படலாம் மற்றும் செரோ-கண்டறிதலில் பயன்படுத்தக்கூடிய பெகோமோவைரஸ் குறிப்பிட்ட ஆன்டிபாடிகளை உருவாக்கலாம்.