டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ்: திறந்த அணுகல்
திறந்த அணுகல்
ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 2329-8936
ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 2329-8936
அஹ்சன் ஹுடா மற்றும் பியர் ஆர் புஷெல்
பின்னணி: டிரான்ஸ்போசபிள் உறுப்புகள் (TEs) நீண்ட காலமாக சுயநலம் அல்லது குப்பை டிஎன்ஏ மனித மரபணுவின் ஒழுங்குமுறை அல்லது செயல்பாட்டில் சிறிதளவு அல்லது எந்தப் பங்கையும் கொண்டிருக்கவில்லை. இருப்பினும், கடந்த பல ஆண்டுகளாக, மனித மரபணுக்களின் ஒழுங்குமுறை மற்றும் குறியீட்டுத் தேவைகளுக்கு TE களின் பங்களிப்பிற்கான பல ஆய்வுகள் முன்னறிவிப்பு மற்றும் உலகளாவிய ஆதாரங்களை வழங்கியதால் இந்த பார்வை சவாலுக்கு உட்பட்டது. இந்த ஆய்வில், இரண்டு மனித ஹீமாடோபாய்டிக் செல்-லைன்களில் இருந்து மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் பிற துணை மரபியல் தரவுகளைப் பயன்படுத்தி TE களால் நன்கொடையளிக்கப்பட்ட குறியீட்டு வரிசைகளின் ஒருங்கிணைப்பு மற்றும் எபிஜெனெடிக் ஒழுங்குமுறையை நாங்கள் ஆராய்ந்தோம்: GM12878 (ஒரு லிம்போபிளாஸ்டாய்டு செல் லைன்) மற்றும் K562 (ஒரு நாள்பட்ட மைலோஜெனஸ் லுகேமியா செல் லீனிஸ்) . ஒவ்வொரு செல் வரிசையிலும், மனித மரபணுக்களுக்கு குறியீட்டு வரிசைகளை தானம் செய்யும் TE களின் பல ஆயிரம் நிகழ்வுகளைக் கண்டறிந்தோம். ஆர்என்ஏ சீக்வென்சிங் (ஆர்என்ஏ-செக்) ரீட்களின் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அசெம்பிளியை ஒரு ரெஃபரன்ஸ் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமின் உதவியோடும், இல்லாமலும் ஒப்பிட்டுப் பார்த்தோம், TEகளை அவற்றின் குறியீட்டு வரிசைகளில் இணைக்கும் மரபணுக்களின் சதவீதம், ரெஃபரன்ஸ் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அசெம்பிளிகளில் இருந்து பெறப்பட்டதை விட கணிசமாக அதிகமாக இருப்பதைக் கண்டறிந்தோம். Refseq மற்றும் Gencode மரபணு மாதிரிகள். TE பெறப்பட்ட குறியீட்டு வரிசைகளின் எபிஜெனெடிக் ஒழுங்குமுறையை நிரூபிக்க, ஹிஸ்டோன் மாற்றங்கள் குரோமாடின் இம்யூனோபிரெசிபிட்டேஷன் சீக்வென்சிங் (ChIP-Seq) தரவு, ஜீன் எக்ஸ்பிரஷன் (CAGE) தரவுகளின் கேப் பகுப்பாய்வு மற்றும் DNAseI ஹைபர்சென்சிட்டிவிட்டி தளம் (DHS) தரவு ஆகியவற்றைப் பயன்படுத்தினோம். மரபணு சிறுகுறிப்பு தரவுத்தளங்களில் குறிப்பிடப்பட்டதை விட TE கள் குறியீட்டு வரிசைகளின் குறிப்பிடத்தக்க சதவீதத்தை உருவாக்குகின்றன என்று எங்கள் முடிவுகள் தெரிவிக்கின்றன, மேலும் இந்த TE பெறப்பட்ட வரிசைகள் இரண்டு செல் வகைகளில் அவற்றின் வெளிப்பாட்டிற்கு ஏற்ப எபிஜெனெட்டிகல் முறையில் கட்டுப்படுத்தப்படுகின்றன.