டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ்: திறந்த அணுகல்
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

புரோமைசின் தேர்வு முதன்மை மனித எரித்ரோபிளாஸ்ட்களின் RNA-Seq சுயவிவரங்களை குழப்புகிறது

Guo RL, Lee YT, Byrnes C, மற்றும் Miller JL*

லென்டிவைரல் டிரான்ஸ்டக்ஷனைத் தொடர்ந்து ப்யூரோமைசின் தேர்வு என்பது மனித ரத்தக் குழாய் மற்றும் பிறவி செல்கள் உட்பட பல்வேறு உயிரணு வகைகளைப் பயன்படுத்தி மரபணு பரிமாற்றம் மற்றும் வெளிப்பாடு பரிசோதனைகளுக்கு நன்கு அறியப்பட்ட செயல்முறையாகும். அதன் பரவலான பயன்பாடு இருந்தபோதிலும், பாலூட்டிகளின் உயிரணு கலாச்சாரங்களில் பாக்டீரியா ப்யூரோமைசின் என்-அசிடைல்ட்ரான்ஸ்ஃபெரேஸ் (பேக்) மரபணு வெளிப்பாட்டின் சாத்தியமான விளைவுகள் பற்றிய ஆராய்ச்சி முழுமையடையவில்லை. மனித எரித்ரோபொய்சிஸுக்கு நன்கு ஆய்வு செய்யப்பட்ட மாதிரியைப் பயன்படுத்தி டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சுயவிவரங்களை பாதிக்கும் ப்யூரோமைசின் தேர்வுக்கான சாத்தியம் இங்கே ஆராயப்பட்டது. ஆறு வயதுவந்த ஆரோக்கியமான மனித நன்கொடையாளர்களிடமிருந்து முதன்மை CD34(+) செல்களைப் பயன்படுத்தி சோதனைகள் மேற்கொள்ளப்பட்டன, வணிக ரீதியாக கிடைக்கக்கூடிய இரண்டு பேக்-குறியீட்டு லென்டிவைரல் வெக்டர்கள் மற்றும் கடத்தப்படாத கட்டுப்பாட்டு கலங்களுடன் ஒப்பிடப்பட்டது. RNA-Seq மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்கள் வேறுபாட்டின் புரோரித்ரோபிளாஸ்ட் கட்டத்தில் உருவாக்கப்பட்டன, பின்னர் வேறுபட்ட மரபணு வெளிப்பாடு R-Studio மென்பொருளில் DEseq2 உடன் பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்டது. மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்களில் உள்ள நன்கொடையாளர் மாறுபாடு மற்றும் தனி லென்டிவைரல் வெக்டார்களின் கடத்தலுக்குப் பிறகு ப்யூரோமைசின் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட மக்களிடையே வேறுபாடுகள் 0.1% க்கும் குறைவான ஆர்என்ஏ கண்டறிதல் அளவுகளில் குறிப்பிடத்தக்க வேறுபாடுகளால் வெளிப்படுத்தப்பட்டது. இருப்பினும், பேக் மரபணு கடத்தலுக்குப் பிறகு ப்யூரோமைசின் தேர்வு, கடத்தப்படாத கட்டுப்பாடுகளுடன் ஒப்பிடும் போது mRNA இன் 5% க்கும் அதிகமான மாற்றங்களை ஏற்படுத்தியது. ஆர்என்ஏ-செக் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சுயவிவரங்களின் விளக்கத்தை குழப்புவதற்கு ப்யூரோமைசின் தேர்வின் சாத்தியத்தை கருத்தில் கொள்ள வேண்டும் என்று முடிவுகள் தெரிவிக்கின்றன.