டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ்: திறந்த அணுகல்
திறந்த அணுகல்
ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 2329-8936
ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 2329-8936
ஸ்ரீதர் ஜம்பகி, ஜிம் எம். டன்வெல்
பின்னணி: ஸ்ட்ராபெரி நுண்துகள் பூஞ்சை காளான் நோய்க்கான காரணியான Podosphaera aphanis உலகளவில் குறிப்பிடத்தக்க பொருளாதார இழப்பை ஏற்படுத்துகிறது.
முறைகள்: தாவர நோய்க்கிருமி தொடர்புகளை ஆய்வு செய்ய டிப்ளாய்டு ஸ்ட்ராபெரி இனமான ஃப்ராகரியா வெஸ்காவை ஒரு மாதிரியாகப் பயன்படுத்தினோம். RNA-seq ஆனது F. vesca ssp ஆகிய இரண்டு அணுகல்களிலிருந்து ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் தரவுத்தொகுப்பை உருவாக்கப் பயன்படுத்தப்பட்டது. வெஸ்கா ஹவாய் 4 (HW) மற்றும் F. வெஸ்கா f. semperflorens மஞ்சள் வொண்டர் 5AF7 (YW) 1 d (1 DAI) மற்றும் 8 d (8 DAI) தொற்றுக்குப் பிறகு.
முடிவுகள்: அடையாளம் காணப்பட்ட மொத்த வாசிப்புகளில் 999 மில்லியன் (92%) F. வெஸ்கா ஜீனோமுடன் வரைபடமாக்கப்பட்டது. இந்த டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் முறையே HW மற்றும் YW இல் மொத்தம் 23,470 மற்றும் 23,464 மரபணுக்களிலிருந்து மூன்று நேரப் புள்ளிகளிலிருந்து (கட்டுப்பாடு, 1 மற்றும் 8 DAI) பெறப்பட்டன. HW இல் முறையே கட்டுப்பாடு மற்றும் 1 DAI, கட்டுப்பாடு மற்றும் 8 DAI மற்றும் 1 மற்றும் 8 DAI ஆகியவற்றுக்கு இடையே 1,567, 1,846 மற்றும் 1,145 மேல்-ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட மரபணுக்களை பகுப்பாய்வு அடையாளம் கண்டுள்ளது. இதேபோல், YW இல் 1,336, 1,619 மற்றும் 968 மரபணுக்கள் கட்டுப்படுத்தப்பட்டன. மேலும் 646, 1,098 மற்றும் 624 கீழ்-ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் HW இல் அடையாளம் காணப்பட்டன, அதே நேரத்தில் 571, 754 மற்றும் 627 மரபணுக்கள் முறையே YW இல் மூன்று நேரப் புள்ளிகளுக்கு இடையில் குறைக்கப்பட்டன.
முடிவு: HW மற்றும் YW இரண்டிலும் கட்டுப்பாடு மற்றும் 1 DAI இடையே வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்களின் (log2 மடங்கு மாற்றங்கள் ?5) ஆய்வு, இரண்டாம் நிலை வளர்சிதை மாற்றம், சமிக்ஞை கடத்துதல் தொடர்பான அதிக எண்ணிக்கையிலான மரபணுக்களை அடையாளம் கண்டுள்ளது; டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ஒழுங்குமுறை மற்றும் நோய் எதிர்ப்பு ஆகியவை மிகவும் வெளிப்படுத்தப்பட்டன. இதில் ஃபிளாவனாய்டு 3´-மோனோஆக்சிஜனேஸ்-மோனோஆக்சிஜனேஸ், பெராக்ஸிடேஸ் 15, குளுக்கன் எண்டோ-1,3-?-குளுக்கோசிடேஸ் 2, ஏற்பி போன்ற கைனேஸ்கள், டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள், ஜெர்மின் போன்ற புரதங்கள், எஃப்-பாக்ஸ் புரதங்கள், NB-ARC மற்றும் NBS-LRR ஆகியவை அடங்கும். புரதங்கள். ஸ்ட்ராபெரியில் உள்ள எந்த நோய்க்கிருமி தொடர்புக்கும் RNA-seq இன் முதல் பயன்பாடு இதுவாகும்.