ஜர்னல் ஆஃப் புரோட்டியோமிக்ஸ் & பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்
திறந்த அணுகல்
ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 0974-276X
ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 0974-276X
மைக்கேல் கிராப்மேன், மார்கோ லுதார்ட், ஃபிராங்க் லெஸ்கே மற்றும் தாமஸ் லெட்செல்
(உயிர்) (புரோட்) ஓமிக் ஆராய்ச்சி சோதனைகள் மற்றும் பயன்பாடுகளில் தகவல்தொடர்பு முக்கிய பங்கு வகிக்கிறது. புரத அடையாளம், புரத அளவீடு, உயிரியல் பாதைகளைக் கண்டறிதல், வளர்சிதை மாற்றத்தை அடையாளம் காணுதல் மற்றும் பிறவற்றை உள்ளடக்கிய முழு புரோட்டியோமின் பகுப்பாய்வு, விளைவான பெரிய தரவுத் தொகுப்புகளை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கான மென்பொருள் தீர்வுகள் இல்லாமல் சாத்தியமில்லை. கடந்த தசாப்தத்தில் ஏராளமான மென்பொருள்-கருவிகள், தளங்கள் மற்றும் தரவுத்தளங்கள் பகுப்பாய்வு வன்பொருள் விற்பனையாளர்கள் மற்றும் இலவச மென்பொருள் உருவாக்குநர்கள் மற்றும் திறந்த மூல மென்பொருள் சமூகத்தால் உருவாக்கப்பட்டுள்ளன. இந்த மென்பொருள் தொகுப்புகளில் சில ஒரு (ஓமிக்) தலைப்புக்கு மிகவும் சிறப்பு வாய்ந்தவை, எடுத்துக்காட்டாக மரபியல், புரோட்டியோமிக்ஸ், இன்டராக்டோமிக்ஸ் அல்லது மெட்டபாலோமிக்ஸ். பிற மென்பொருள் கருவிகள் மற்றும் இயங்குதளங்கள் மிகவும் பொதுவான முறையில் பயன்படுத்தப்படலாம், எ.கா. பணிப்பாய்வுகளை உருவாக்குதல், அல்லது தரவு மாற்றம் மற்றும் தரவு மேலாண்மை, அல்லது புள்ளிவிவரங்கள். இப்போதெல்லாம் முக்கிய பிரச்சனை ஒரு வழியைக் கண்டுபிடிப்பது அல்ல, சோதனைத் தரவை எவ்வாறு பகுப்பாய்வு செய்வது, ஆனால் பரந்த மென்பொருள்-நிலப்பரப்பில் இந்த நோக்கத்திற்காக மிகவும் பொருத்தமான மென்பொருளை அடையாளம் காண்பது.
இந்த மதிப்பாய்வு பின்வரும் சிக்கலில் கவனம் செலுத்துகிறது: உயிரியல், பகுப்பாய்வு மற்றும் (உயிர்) தகவலியல் ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான இணைப்பு எவ்வளவு சிக்கலானது மற்றும் நுண்ணுயிரிகளில் தொடங்கி ஒரு புரோட்டீமைக் கண்டறிதல் வரை அறிவியல் ஆய்வுகளுக்குப் பயன்படுத்தப்படும் பல்வேறு மென்பொருள் கருவிகள் எவ்வளவு சிக்கலானவை. இதன் மூலம் (LC) MS(/MS) புரோட்டியோமிக்ஸிற்கான மென்பொருளில் பல்வேறு வகைகளுக்கு முக்கிய முக்கியத்துவம் கொடுக்கப்படுகிறது. ExPASy போன்ற உலகளாவிய வலைத் தளங்களில் புரோட்டியோமிக்ஸ் மென்பொருளின் விரிவான பட்டியலைக் காட்டுகின்றன, எந்த மென்பொருள் உண்மையில் அவர்களின் நோக்கங்களுக்குச் சேவை செய்கிறது என்பதைக் கண்டறிய பயனருக்கு விட்டுச்செல்கிறது.
முதலில் புரோட்டியோமிக்ஸ் ஆராய்ச்சி துறையில் மென்பொருளின் மிகப்பெரிய மாறுபாட்டைக் கருதுகிறோம். MS தரவின் மாறுபாடு மற்றும் அது தொடர்பான மென்பொருள் கருவிகளின் பொருந்தாத தன்மையை நாம் கூர்ந்து கவனிப்போம். பொதுவாகப் பயன்படுத்தப்படும் மென்பொருள் தொழில்நுட்பங்களைப் பற்றிய ஒரு மேலோட்டப் பார்வையை நாங்கள் வழங்குகிறோம், இறுதியாக திறந்த மூல மென்பொருள் இந்தத் துறையில் அதிக மதிப்பைச் சேர்க்காதா என்ற கேள்வியுடன் முடிவடையும்.