இம்யூனோதெரபி: திறந்த அணுகல்
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

பான்-புற்றுநோயில் TCR மற்றும் BCR இன் பன்முகத்தன்மை மற்றும் பன்முகத்தன்மை

யு-பாவ் சென்*, போ லி1, வென்-சியாங் ஹு*, லி-டா சூ*, ஹுய்-சூ டாங், ஜிங் ஜாங், ஜின்-டான் குவோ

அறிமுகம்: வரிசைப்படுத்துதல் தொழில்நுட்பத்தின் வளர்ச்சியுடன், RNA-seq மேலும் மேலும் பிரபலமடைந்து வருகிறது. RNA-seq தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி நோயெதிர்ப்புத் திறனைப் பகுப்பாய்வு செய்யும் முறை குறைந்த மாதிரி தேவை, எளிமையான செயல்பாடு மற்றும் விரிவான தகவல் ஆகியவற்றின் நன்மைகளைக் கொண்டுள்ளது.

முறைகள்: என்சிபிஐயில் உள்ள SRA இலிருந்து ஆர்என்ஏ-வரிசைப்படுத்தல் தரவு பதிவிறக்கம் செய்யப்பட்டது, இதில் 79 ஜோடி புற்றுநோய் மற்றும் அருகிலுள்ள புற்றுநோய் அல்லாத திசுக்களின் மாதிரிகள் நான்கு பிரதிநிதித்துவ புற்றுநோய் வகைகளை உள்ளடக்கியது, இலக்கியத்தின் அடிப்படையில், அடாப்டர்கள், பார்கோடு தளங்கள் மற்றும் குறைந்த தரமான தளங்களை அகற்ற CutAdapt மென்பொருள் ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்டது. . MiXCR மென்பொருள் தொகுப்பு நோயெதிர்ப்பு திறன் ஏற்பி வரிசைகளை பிரித்தெடுக்க பயன்படுத்தப்பட்டது.

முடிவுகள்: பொது தரவுத்தளத்தில் இருந்து RNA-seq தரவு, பெருங்குடல் அடினோகார்சினோமா, நுரையீரல் அடினோகார்சினோமா, கணைய அடினோகார்சினோமா மற்றும் வயிற்று அடினோகார்சினோமா உள்ளிட்ட நான்கு வகையான புற்றுநோய்களில் புற்றுநோய் மற்றும் சாதாரண திசுக்களின் TCR மற்றும் BCR வரிசைகளை பகுப்பாய்வு செய்து ஒப்பிட பயன்படுத்தப்பட்டது. பல்வேறு வகையான புற்றுநோய்களில் TCR இன் குளோனல் பன்முகத்தன்மை வேறுபட்டது, மேலும் புற்றுநோய் திசுக்கள் மற்றும் ஆரோக்கியமான திசுக்களுக்கு இடையேயான BCR இன் வகை வெளிப்படையானது. பகிரப்படாத CDR3 வரிசைகளின் பகுப்பாய்வின் அடிப்படையில், TRB இன் பன்முகத்தன்மையின் அளவு வெவ்வேறு புற்றுநோய் வகைகள், ஒரே புற்றுநோயைக் கொண்ட வெவ்வேறு நபர்கள், புற்றுநோய் திசுக்கள் மற்றும் ஒரே நபரின் பாரா-புற்றுநோய் திசுக்கள். மேலும், ஐந்து முக்கிய நோயெதிர்ப்பு சோதனைச் சாவடிகளின் மரபணுக்களின் வெளிப்பாடு நிலைகள் மற்றும் டிசிஆர் குளோன்களின் எண்ணிக்கை ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான தொடர்பு பல்வேறு வகையான புற்றுநோய்களில் பலவற்றைக் காட்டுகிறது.

முடிவு: புற்றுநோய் திசுக்கள் மற்றும் அருகிலுள்ள COAD, LUAD, PAAD மற்றும் STAD ஆகியவற்றின் புற்றுநோய் அல்லாத திசுக்களில் உள்ள நோயெதிர்ப்புத் திறன்களின் பகுப்பாய்வு மூலம், அதே புற்றுநோய் வகைக்குள் TCR எண்ணிக்கை மற்றும் ஷானன் என்ட்ரோபிகளில் குறிப்பிடத்தக்க வேறுபாடுகள் எதுவும் கண்டறியப்படவில்லை. ஆனால் பல்வேறு புற்றுநோய் வகைகளில் டிசிஆர் எண்கள் மற்றும் ஷானன் என்ட்ரோபிகளில் குறிப்பிடத்தக்க வேறுபாடுகள் உள்ளன. தனிப்பட்ட நோயெதிர்ப்புத் திறனைப் பெறுவதில் RNA-seq பகுப்பாய்வின் நன்மையை முடிவுகள் சரிபார்க்கின்றன.