ஜர்னல் ஆஃப் புரோட்டியோமிக்ஸ் & பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

மோதுதல் தூண்டப்பட்ட மற்றும் எலக்ட்ரான் பரிமாற்ற விலகல் மூலம் உகந்த வரிசைப்படுத்துதலுக்கான இலக்கு SCX அடிப்படையிலான பெப்டைட் பின்னம்

ஹென்க் டபிள்யூபி வான் டென் டூர்ன், ஷபாஸ் முகமது, ஜூஸ்ட் டபிள்யூ. கௌவ், பாஸ் வான் ப்ரூகெலன் மற்றும் ஆல்பர்ட் ஜேஆர் ஹெக்

பெப்டைட் அயனிகளின் எலக்ட்ரான் பரிமாற்ற விலகல் (ETD) மாஸ் ஸ்பெக்ட்ரோமெட்ரி அடிப்படையிலான பெப்டைட் வரிசைமுறைக்கான ஒரு கருவியாக அறிமுகப்படுத்தப்பட்டது, இது பொதுவாக பயன்படுத்தப்படும் மோதல் தூண்டப்பட்ட விலகலுக்கு (சிஐடி) நிரப்புகிறது. அதிக சார்ஜ் மற்றும்/அல்லது பெரிய பெப்டைடுகளுக்கு CIDயை விட ETD சிறந்த செயல்திறனைக் கொண்டிருக்கலாம் என்று முன்மொழியப்பட்டது. இங்கே, பெரிய அளவிலான புரோட்டியோமிக்ஸ் பரிசோதனையில் உருவாக்கப்பட்ட தரவுகளில் ETD மற்றும் CID இன் செயல்திறனை ஒப்பிடுகிறோம். முதலாவதாக, டிரோசோபிலா மெலனோகாஸ்டர் ஓசைட்டுகளின் டிரிப்டிக் புரோட்டியோலிடிக் பெப்டைடுகள் வலுவான கேஷன் எக்ஸ்சேஞ்ச் க்ரோமடோகிராபி (எஸ்சிஎக்ஸ்) ஐப் பயன்படுத்தி அவற்றின் இன்சல்யூஷன் நிகர சார்ஜ் நிலையின் அடிப்படையில் ஆஃப்-லைனில் பிரிக்கப்பட்டன, அதைத் தொடர்ந்து ஆன்-லைன் ரிவர்ஸ்ஃபேஸ் (ஆர்பி) திரவ குரோமடோகிராபி பிரிப்பு ஒரு அயன் ட்ராப் மாஸ் ஸ்பெக்ட்ரோமீட்டருடன் இணைக்கப்பட்டது. ETD திறன்களுடன். மாஸ் ஸ்பெக்ட்ரோமீட்டர் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட MS சிகரங்கள் ETD மற்றும் CID ஆகிய இரண்டிற்கும் உட்படுத்தப்பட்டு நியாயமான ஒப்பீட்டை அனுமதிக்கிறது. சுமார் 2300 பெப்டைடுகள் சிஐடியால் பிரத்தியேகமாக அடையாளம் காணப்பட்டன, அதேபோன்று ஈடிடியால் 3000க்கும் அதிகமானவை, ஈடிடி மற்றும் சிஐடி இரண்டாலும் தோராயமாக 1400. மொத்தத்தில் கிட்டத்தட்ட 7,000 பெப்டைடுகள் மிகவும் பழமைவாத மஸ்காட் பெப்டைட் கட்-ஆஃப் மதிப்பெண் 60 உடன் அடையாளம் காணப்பட்டன, ETD மற்றும் CID ஆகியவை நிரப்பு நுட்பங்கள் என்பதை தெளிவாக சரிபார்க்கிறது. ஆரம்ப SCX பின்னங்களில், 'குறைந்த' நிகர சார்ஜ் கொண்ட பெப்டைட்களைக் கொண்ட, 90% க்கும் அதிகமான பெப்டைட்களை CID ஆல் வெற்றிகரமாக அடையாளம் காண முடியும், அதே சமயம் பிந்தைய SCX பின்னங்களில் 90% க்கும் அதிகமான பெப்டைட்களைப் பயன்படுத்தி வெற்றிகரமாக அடையாளம் காண முடியும். ETD மட்டும். தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட உத்தி, SCX மற்றும் RP-LC-MS/MS ஆகியவற்றின் கலவையுடன், CID மற்றும்/அல்லது ETD ஐ உகந்ததாகப் பயன்படுத்த வேண்டுமா என்பதில் இலக்கு முடிவுகளை எடுக்க பயனரை அனுமதிக்கிறது. அனைத்து அடையாளம் காணப்பட்ட பெப்டைட்களின் வரிசை மற்றும் அமினோ அமில உள்ளடக்கங்களின் பகுப்பாய்வு, மூன்றுக்கு மேல் சார்ஜ் நிலைகளைக் கொண்ட பெப்டைட்களுக்கான ETD இன் ஈர்க்கக்கூடிய செயல்திறன் CID அடிப்படையிலான வரிசைமுறை தேவையில்லை, இது சிறந்ததாக, முற்றிலும் உறுதிப்படுத்தப்படும் என்பதை தெளிவாக வெளிப்படுத்தியது.