ஜர்னல் ஆஃப் புரோட்டியோமிக்ஸ் & பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

paSNPg: ஒரு ஜிபிஎஸ்-அடிப்படையிலான பைப்லைன் புரோட்டீன்-தொடர்புடைய SNP கண்டுபிடிப்பு மற்றும் மாதிரி அல்லாத இனங்களில் மரபணு வகைப்படுத்தல்

Yong-Bi Fu மற்றும் Yibo Dong

ஜீனோடைப்பிங்-பை-சீக்வென்சிங் (ஜிபிஎஸ்) சமீபத்தில் மக்கள்தொகைக்கான மரபணு அளவிலான மரபணு மாறுபாடு மற்றும் மாதிரி அல்லாத உயிரினங்களின் பரிணாம மரபணு பகுப்பாய்வுகளை ஆராய்வதற்கான சாத்தியமான மரபணு அணுகுமுறையாக உருவாக்கப்பட்டுள்ளது. இயற்கையான மக்கள்தொகையில் செயல்பாட்டுடன் தொடர்புடைய மரபணு மாறுபாடு தரவைப் பெறுவதற்கு வசதியாக, புரதம்-தொடர்புடைய SNP (paSNP) கண்டுபிடிப்பு மற்றும் மாதிரி அல்லாத உயிரினங்களில் மரபணு வகைப்படுத்தலுக்கு paSNPg எனப்படும் ஜிபிஎஸ் அடிப்படையிலான பைப்லைனை நாங்கள் வழங்குகிறோம். வெளியிடப்பட்ட npGeno பயன்பாட்டின் விரிவாக்கத்தின் மூலம் raw GBS வரிசை தரவுகளிலிருந்து அணுக்கரு கான்டிஜ்கள், வெளியிடப்பட்ட PEP (அல்லது முழு புரோட்டியோம்கள் மீதான கணிப்புகள்) வரிசை தரவுத் தொகுப்புகளின் அடிப்படையில் தனித்தனியான புரதம்-தொடர்புடைய கான்டிஜ்கள் மற்றும் paSNP கள் முழுவதும் உருவாக்கப்பட்டது. புரதத்துடன் தொடர்புடைய கான்டிஜ்களின் அடிப்படையில் ஆய்வு செய்யப்பட்ட மாதிரிகள். அரபிடோப்சிஸ் தலியானா மற்றும் ஓரிசா சாடிவா ஆகிய இரண்டு ஜிபிஎஸ் வரிசை தரவுத் தொகுப்புகளைக் கொண்டு பைப்லைனைச் சோதித்ததில், மாதிரி அல்லாத இனங்களின் மரபணு டிஎன்ஏக்களிலிருந்து புரதம்-தொடர்புடைய மரபணு மாறுபாட்டை ஆராய்வதில் அதன் சாத்தியமான பயன்பாட்டை வெளிப்படுத்தியது.