ஜர்னல் ஆஃப் புரோட்டியோமிக்ஸ் & பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

மேடகா புரோட்டியோம் ஆய்வு: புரத அடையாளத்திற்கான குறுக்கு-இனப் பொருத்தம் மற்றும் வெளிப்படுத்தப்பட்ட வரிசை டேக் டேட்டாவைப் பயன்படுத்துதல்

Mezhoud Karim, Praseuth Danièle, Marie Arul, Puiseux-Dao Simone மற்றும் Edery Marc

வெளிப்படுத்தப்பட்ட புரதங்களின் பெரிய அளவிலான ஆய்வின் மூலம் உயிரணுவின் மரபணு செயல்பாடு மற்றும் மூலக்கூறு செயல்முறைகளைப் புரிந்துகொள்வதை புரோட்டியோமிக்ஸ் நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது. புரோட்டியோமிக்ஸ் அணுகுமுறை பெரும்பாலும் கொறித்துண்ணிகள் போன்ற சோதனை மாதிரிகளில் பயன்படுத்தப்பட்டாலும், மேடகா மீன் (ஓரிசியாஸ் லேடிப்ஸ்) போன்ற பிற விலங்கு மாதிரிகளும் புரோட்டியோமிக்ஸ் துறையில் கணிசமான ஆர்வத்தை ஈர்க்கின்றன. மேடகா என்பது இனப்பெருக்க அல்லது வளர்ச்சி உயிரியலில் மிகவும் ஆய்வு செய்யப்பட்ட விலங்கு மாதிரிகளில் ஒன்றாகும் . இருப்பினும், அதன் மரபணு வரிசைப்படுத்தப்பட்டிருந்தாலும், தரவுத்தளங்களில் சில புரதங்கள் மட்டுமே கிடைக்கின்றன. புரோட்டீன்களை அடையாளம் காணும் மாதிரியாக ஒரு பரிசோதனையில் பயன்படுத்தப்பட்ட செயல்முறையை நாங்கள் முன்வைக்கிறோம், இந்த விஷயத்தில் ஹெபடோடாக்ஸிக் சயனோடாக்சின், மைக்ரோசிஸ்டின் மூலம் சிகிச்சையளிக்கப்பட்ட மெடகாவின் கல்லீரலில் இருந்து. சின்னத் தேடுபொறியில் O. லேடிப்கள் பட்டியலிடப்படாததால், புரதங்களின் அடையாளம் (சிகிச்சையால் மாற்றியமைக்கப்பட்டதால் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டது) மூடப்பட்ட தொடர்புடைய இனங்களில் செய்யப்பட்டது. முதலில், பெப்டைட் மாஸ் கைரேகையை (பிஎம்எஃப்) பயன்படுத்தி 15 புள்ளிகள் பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்டன. இருப்பினும், சின்னம் என்ஜினைப் பயன்படுத்தி யாரையும் நம்பத்தகுந்த வகையில் அடையாளம் காண முடியவில்லை. NCBInr இலிருந்து பெறப்பட்ட புரத தரவுத்தளத்தின் முழுமை மற்றும் புரதத்தை அடையாளம் காண்பதற்கான குறுக்கு-இனங்கள் கிடைப்பதன் மூலம் ஆராய்ச்சியின் விளைவு குறைந்த வரிசை கவரேஜுக்கான காரணம் ஆகும். அடையாளத்தை மேம்படுத்தும் பொருட்டு, PMF தேடல் ஒரு மேடகா நியூக்ளியோடைடு குறிப்பிட்ட தரவுத்தளத்தில் ஒரு தேடலுடன் இணைக்கப்பட்டது மற்றும் MS/MS அயன் தேடல்களால் உறுதிப்படுத்தப்பட்டது. இந்த அடையாள நடைமுறையானது மேடகா மாதிரியுடன் பல்வேறு சோதனைகளில் வெற்றிகரமாகப் பயன்படுத்தப்பட்டது.