ஜர்னல் ஆஃப் புரோட்டியோமிக்ஸ் & பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

அமினோ அமில வரிசை பகுப்பாய்வு மற்றும் கட்டமைப்பு அடிப்படையிலான வரிசை சீரமைப்பு அடிப்படையில் β-ட்ரெஃபாயில் மடிப்பு புரதங்களின் மடிப்பு தளங்களைக் கண்டறிதல்

டகுயா கிரியோகா, பன்யாவுட் அம்புச்சின் மற்றும் தாகேஷி கிகுச்சி

ஒரு புரதத்தின் 3D அமைப்பு பற்றிய தகவல் அதன் மடிப்பு வழிமுறை உட்பட அதன் அமினோ அமில வரிசையில் குறியாக்கம் செய்யப்படுகிறது. ஒரு β-ட்ரெஃபாயில் புரதம் ஒரு குறிப்பிடத்தக்க 3D கட்டமைப்பு பண்பு கொண்டதாக அறியப்படுகிறது, அதாவது தெளிவான ஹைட்ரோபோபிக் பேக்கிங் இல்லாத போலி மூன்று மடங்கு சமச்சீர்மை. ஒரு புரதத்தின் அமினோ அமில வரிசையில், அத்தகைய இடவியலை உருவாக்குவதற்கான மடிப்பு பொறிமுறையின் தகவல் எவ்வாறு குறியாக்கம் செய்யப்படுகிறது என்பதை ஆராய்வது சுவாரஸ்யமானது. இந்த ஆய்வில், ஆரம்ப மடிப்புக்கான குறிப்பிடத்தக்க தளங்களை அடையாளம் காண, 26 β-ட்ரெஃபாயில் புரதங்களின் வரிசைகளுக்கு இடை-எச்ச சராசரி தூர புள்ளிவிவரங்கள் மற்றும் ஹைட்ரோஃபோபிக் எச்சங்களின் பாதுகாப்பு ஆகியவற்றின் அடிப்படையில் பகுப்பாய்வு செய்யப்படுகிறது. முடிவுகள் சொந்த 3D கட்டமைப்புகளுடன் ஒப்பிடப்படுகின்றன. பாதுகாக்கப்பட்ட ஹைட்ரோபோபிக் எச்சங்கள் 3D கட்டமைப்புகளின் அடிப்படையில் பல வரிசை சீரமைப்பு மூலம் வரையறுக்கப்படுகின்றன. பாதுகாக்கப்பட்ட ஹைட்ரோபோபிக் எச்சம் எப்போதும் β-ஸ்ட்ராண்டில் உள்ளது என்பது உறுதிசெய்யப்பட்டது. குறிப்பாக, β-இழைகள் 5 மற்றும் 6 ஆகியவை இடை-எச்ச சராசரி தூரப் புள்ளிவிவரங்களின் அடிப்படையில் பகுப்பாய்வுகளிலிருந்து ஆரம்ப மடிப்புக்கு குறிப்பிடத்தக்கவை. இந்த முடிவுகள் சில β-ட்ரெஃபாயில் புரதங்களின் மடிப்புக்காக இதுவரை பெறப்பட்ட சோதனைத் தரவுகளுடன் நன்றாக ஒத்துப்போகின்றன. இந்த ஆய்வில் வரையறுக்கப்பட்ட பாதுகாக்கப்பட்ட ஹைட்ரோபோபிக் எச்சங்கள் பொதுவாக β-ட்ரெஃபாயில் புரதங்களில் ஹைட்ரோபோபிக் பேக்கிங்கை உருவாக்க பங்களிக்கின்றன என்பதும் உறுதிப்படுத்தப்பட்டுள்ளது. பன்னிரண்டு பாதுகாக்கப்பட்ட ஹைட்ரோபோபிக் எச்ச ஜோடிகள் வெவ்வேறு சூப்பர் குடும்பங்களில் இருந்து 26 β- ட்ரெஃபாயில் புரதங்களில் பேக்கிங்கை உருவாக்குவது எப்போதும் கவனிக்கப்படுகிறது. β-ஸ்ட்ராண்ட்ஸ் 5 மற்றும் 6 இல் உள்ள பாதுகாக்கப்பட்ட ஹைட்ரோபோபிக் எச்சங்கள் β-ட்ரெஃபாயில் புரதத்தின் மடிப்பின் ஆரம்ப நிலைக்கு எவ்வாறு பங்களிக்கின்றன என்பதை நாங்கள் தெளிவுபடுத்துகிறோம். 12 பாதுகாக்கப்பட்ட ஹைட்ரோபோபிக் எச்ச ஜோடிகளின் பொதுவான பேக்கிங் முழு β-ட்ரெஃபாயில் மடிப்பு அமைப்பை உருவாக்குவதற்கு குறிப்பிடத்தக்கது.