ஜர்னல் ஆஃப் புரோட்டியோமிக்ஸ் & பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்
திறந்த அணுகல்
ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 0974-276X
ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 0974-276X
ஜேம்ஸ் சி ரைட் மற்றும் ஜோதி எஸ் சௌத்ரி
மாஸ் ஸ்பெக்ட்ரோமெட்ரி அடிப்படையிலான புரோட்டியோமிக்ஸ் சோதனைகளில் டேன்டெம் மாஸ் ஸ்பெக்ட்ராவிலிருந்து வரிசை தரவுத்தள பெப்டைட் அடையாளங்களின் துல்லியமான புள்ளிவிவர மதிப்பீடு அவசியம். இந்த புள்ளிவிவரங்கள் சீரற்ற அடையாளங்களை துல்லியமாக மாதிரியாக்குவதைப் பொறுத்தது. புரோட்டியோமிக் தரவுத்தொகுப்புகளில் FDR ஐக் கணக்கிடுவதற்கான நடைமுறை அணுகுமுறையாக இலக்கு-டிகோய் அணுகுமுறை உயர்ந்துள்ளது. இந்த அணுகுமுறையின் முக்கியக் கொள்கையானது, மாதிரியில் உள்ள உண்மையான புரதங்களுடன் பொருந்தாத நிலையில், தேடப்பட்ட இலக்கு புரத வரிசைகளின் அளவு மற்றும் கலவையைப் பின்பற்றும் டிகோய் புரத வரிசைகளின் தொகுப்பைத் தேடுவதாகும். இதைச் செய்ய, இலக்கு தரவுத்தளத்தில் உள்ள புரதங்கள் மற்றும் பெப்டைட்களை தலைகீழாக மாற்றுவது அல்லது மாற்றுவது பொதுவானது. இருப்பினும், இந்த அணுகுமுறைகள் அவற்றின் குறைபாடுகள் மற்றும் வரம்புகளைக் கொண்டுள்ளன. தவறான FDR மதிப்பீட்டிற்கு வழிவகுக்கும் இலக்கு மற்றும் டிகோய் தரவுத்தளங்களுக்கு இடையேயான பெப்டைட் பணிநீக்கம் ஒரு முக்கிய குழப்பமான பிரச்சினை ஆகும். புரோட்டீன் மட்டத்திலும், புரோட்டியோஜெனோமிக்ஸுக்குப் பயன்படுத்தப்படும் பெரிய வரிசை தரவுத்தளங்களைத் தேடும்போதும் இந்தத் துல்லியத்தன்மை மேலும் பெருக்கப்படுகிறது. இலக்கு மற்றும் டிகோய் பெப்டைடுகளுக்கு இடையில் குறைந்த ஒன்றுடன் ஒன்றுடன் கூடிய டிகோய் தொடர்களை விரைவாகவும் திறமையாகவும் உருவாக்க ஒருங்கிணைக்கும் கலப்பின முறையை இங்கு முன்வைக்கிறோம். தலைகீழ் டிகோய் அணுகுமுறையைப் பயன்படுத்துவதால் 5% பெப்டைட் பணிநீக்கத்தை உருவாக்க முடியும் என்பதையும் மேலும் பல கூடுதல் பெப்டைடுகள் இலக்கு பெப்டைட்டின் அதே முன்னோடி வெகுஜனத்தைக் கொண்டிருக்கும் என்பதையும் நாங்கள் காட்டுகிறோம். எங்கள் கலப்பின முறை இந்த இரண்டு சிக்கல்களையும் முன்னோடி அமினோ அமிலத்துடன் முதலில் புரோட்டியோலிடிக் பிளவு தளங்களை மாற்றுவதன் மூலம், தரவுத்தளத்தை மாற்றியமைத்து, பின்னர் எந்த தேவையற்ற காட்சிகளையும் மாற்றுகிறது. இந்த நெகிழ்வான கலப்பின முறையானது, இலக்கு மற்றும் டிகோய் பெப்டைடுகளுக்கு இடையே உள்ள பெப்டைட் ஒன்றுடன் ஒன்று பெப்டைட்களில் சுமார் 1% ஆகக் குறைக்கிறது, இது பெரிய தேடல் இடங்களுக்கு மிகவும் வலுவான டிகோய் மாதிரியை உருவாக்குகிறது. சுட்டி மூளை திசு தரவுகளில் q-மதிப்புகளின் கணக்கீட்டில் தேவையற்ற பெப்டைட்களின் பழமைவாத எதிர்ப்பு விளைவையும் நாங்கள் நிரூபிக்கிறோம்.