ஜர்னல் ஆஃப் கிளினிக்கல் அண்ட் செல்லுலார் இம்யூனாலஜி
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

மனித மக்கள்தொகைக்கான குறைந்த, நடுத்தர மற்றும் உயர்-தெளிவு HLA தட்டச்சு தொழில்நுட்பங்களின் ஒப்பீட்டு பகுப்பாய்வு

மலாலி கவுடா, ஷீத்தல் அம்பர்தார், நூதன் திகே, அஷ்வினி மஞ்சுநாத், சந்தன சங்கரலிங்கு, பிரதீப் ஹிரண்ணையா, ஜான் ஹார்டிங், ஸ்வாதி ரானடே, லதா ஜகந்நாதன் மற்றும் சுதிர் கிருஷ்ணா

மனித லிகோசைட் ஆன்டிஜென் (HLA) குறியாக்க மரபணுக்கள் மனித குரோமோசோம் 6 இல் உள்ள முக்கிய ஹிஸ்டோகாம்பேட்டிபிலிட்டி வளாகத்தின் (MHC) ஒரு பகுதியாகும். இந்த பகுதி மனித மரபணுவில் மிகவும் பாலிமார்பிக் பகுதிகளில் ஒன்றாகும். உறுப்பு/திசு மாற்று அறுவை சிகிச்சையின் போது நன்கொடையாளர் மற்றும் பெறுநரைப் பொருத்துவதற்கு HLA அலெலிக் பாலிமார்பிஸம் பற்றிய முன் அறிவு மருத்துவ ரீதியாக முக்கியமானது. பல்வேறு தொற்று நோய்கள், மரபியல் கோளாறுகள் மற்றும் தன்னுடல் தாக்க நிலைகளுக்கு நோயெதிர்ப்பு மறுமொழிகளைக் கணிப்பதிலும் HLA அலெலிக் தகவல் பயனுள்ளதாக இருக்கும். இந்தியா ஒரு பில்லியனுக்கும் அதிகமான மக்களைக் கொண்டுள்ளது மற்றும் அதன் மக்கள்தொகை HLA அலெலிக் பன்முகத்தன்மைக்கு பயன்படுத்தப்படவில்லை. இந்த ஆய்வில், தென்னிந்திய மக்களுக்கான மூன்று HLA தட்டச்சு முறைகளை, வரிசை-குறிப்பிட்ட ப்ரைமர்கள் (SSP), NGS (Roche/454) மற்றும் ஒற்றை-மூலக்கூறு வரிசைமுறை (PacBio RS II) தளங்களைப் பயன்படுத்தி ஒப்பிட்டுப் பார்த்தோம். தென்னிந்திய மக்கள்தொகையில் உள்ள முக்கிய எச்எல்ஏ அல்லீல்களைக் கண்டறிய SSP முறையைப் பயன்படுத்தி 1020 க்கும் மேற்பட்ட DNA மாதிரிகள் குறைந்த தெளிவுத்திறனில் தட்டச்சு செய்யப்பட்டன. இந்த ஆய்வுகள் ரோச்/454 சீக்வென்சிங் சிஸ்டத்தில் உள்ள எக்ஸோனிக் சீக்வென்ஸின் அடிப்படையில் 80 மாதிரிகளின் நடுத்தரத் தெளிவுத்திறன் கொண்ட HLA தட்டச்சு மற்றும் வகுப்பு I மரபணுக்களின் HLA அல்லீல்களுக்கு (HLA-A, உயர்-தெளிவுத்திறன் (6-8 இலக்கங்கள்) 8 மாதிரிகள் தட்டச்சு செய்தல் மூலம் பின்பற்றப்பட்டது. B மற்றும் C) மற்றும் வகுப்பு II மரபணுக்கள் (HLA-DRB1 மற்றும் DQB1) PacBio RS II இயங்குதளத்தைப் பயன்படுத்தி. SMRT தொழில்நுட்பத்தால் வழங்கப்பட்ட நீண்ட ரீட்கள், முழு நீள வகுப்பு I மற்றும் வகுப்பு II ஜீன்கள்/அலீல்களை உள்ளடக்கிய மொழியாக்கம் செய்யப்படாத பகுதிகள், எக்ஸான்கள் மற்றும் இன்ட்ரான்கள் உட்பட, படிப்படியாக SNP தகவலை வழங்கியது. ரோச் 454 சீக்வென்சிங் மூலம் சரிபார்க்கப்பட்ட PacBio தரவுகளிலிருந்து மூன்று நாவல் அல்லீல்களை நாங்கள் கண்டறிந்துள்ளோம். இந்திய மக்களுக்கான இரண்டாவது மற்றும் மூன்றாம் தலைமுறை NGS தொழில்நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தி HLA தட்டச்சு செய்வதற்கான முதல் ஆய்வு இதுவாகும். PacBio இயங்குதளமானது, இந்தியாவில் பயன்படுத்தப்படாத இன மக்களுக்காக HLA தரவுத்தளத்தை நிறுவுவதற்கான பெரிய அளவிலான HLA தட்டச்சுக்கான ஒரு நம்பிக்கைக்குரிய தளமாகும்.