ஜர்னல் ஆஃப் புரோட்டியோமிக்ஸ் & பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

அறியப்பட்ட கட்டமைப்புகளுடன் ஹோமோடிமர்களுக்கு மடிப்பு இயந்திரங்களின் கார்ட் ஒதுக்கீடு

அபிஷேக் சுரேஷ், பட்டாபிராமன் லலிதா மற்றும் பாண்டிஜஸ்ஸரமே காங்குவேனே

புரோட்டீன் ஹோமோடிமர்கள் வினையூக்கம் மற்றும் ஒழுங்குபடுத்தலில் முக்கிய பங்கு வகிக்கின்றன மற்றும் அவற்றின் மடிப்பு நுட்பம் புதிரானது. ஹோமோடைமர் மடிப்பு (2-நிலை [2S] இடைநிலைகள் இல்லாமல் மற்றும் 3-நிலை [3S] மோனோமர் [3SMI] அல்லது டைமர் [3SDI] இடைநிலைகளுடன்) சுமார் 46 ஹோமோடிமர்களுக்கு (27 2S; 12 3SMI) கவனிக்கப்பட்டு ஆவணப்படுத்தப்பட்டுள்ளது; 7 3SDI) அறியப்பட்ட 3D கட்டமைப்புகளுடன். கிளாசிக்கல் டினாட்டரேஷன் சோதனைகள் மூலம் மடிப்பு வழிமுறைகளை தீர்மானிப்பது நேரத்தை எடுத்துக்கொள்வது, கடினமானது மற்றும் விலை உயர்ந்தது. எனவே, அவற்றின் மடிப்பு பொறிமுறையை கணிப்பது ஆர்வமாக உள்ளது. மேலும், அறியப்படாத மடிப்பு பொறிமுறையுடன் கூடிய ஏராளமான ஹோமோடிமர்கள் கட்டமைப்புகள் PDB இல் கிடைக்கின்றன. எனவே, ஒவ்வொரு சிக்கலான கட்டமைப்பின் உள்ளார்ந்த கட்டமைப்பு அம்சங்களைப் பயன்படுத்தி அவற்றின் மடிப்பு பொறிமுறையைக் கணிப்பது கட்டாயமாகும். எனவே, முன்கணிப்பு அளவுருக்கள் ((a) மோனோமர் புரத அளவு (ML); (b) இடைமுகப் பகுதி (B/2); (c) மொத்த எச்சங்களுக்கு இடைமுகம் (I/ T) விகிதம்) ஒரு தரவுத்தொகுப்பில் இருந்து பெறப்பட்டது (46 ஹோமோடிமர்கள் அறியப்பட்ட கட்டமைப்புகள் மற்றும் மடிப்பு பொறிமுறையுடன்) மடிப்பு வழிமுறைகள் கணிப்புக்காக. தரவுத்தொகுப்பு அகநிலையாக பயிற்சி (13 2S; 6 3SMI; 3 3SDI) மற்றும் சோதனை (14 2S; 6 3SMI; 4 3SDI) சரிபார்ப்புக்கான தொகுப்புகளாக பிரிக்கப்பட்டது. ML மற்றும் I/T ஆகியவற்றை முன்கணிப்பு மாறிகளாகப் பயன்படுத்தி பயிற்சி மற்றும் சோதனையின் போது 2S மற்றும் 3SMI ஐக் கணிப்பதில் இந்த மாதிரி மிகச் சிறப்பாகச் செயல்பட்டது. இருப்பினும், 3SDI ஐ வகைப்படுத்துவதில் மாதிரியின் செயல்திறன் மோசமாக உள்ளது என்பதை கவனத்தில் கொள்ள வேண்டும். ஆயினும்கூட, முன்கணிப்பு மாறி B/2 ஐச் சேர்ப்பதன் மூலம் மாதிரி நிலையானதாக இல்லை, எனவே, பயிற்சி மற்றும் சோதனையின் போது கருதப்படவில்லை. CART மாதிரியானது பயிற்சியின் போது 100% (2S), 83% (3SMI) மற்றும் 75% (3SDI) இன் நேர்மறை முன்கணிப்பு மதிப்புகளுடன் (PPV) 85% (2S), 83% (3SMI) மற்றும் 100% (3SDI) துல்லியத்தை உருவாக்கியது. . சோதனையின் போது 74% (2S), 60% (3SMI) நேர்மறை முன்கணிப்பு மதிப்புகளுடன் (PPV) 100% (2S) மற்றும் 50% (3SMI) துல்லியத்தை உருவாக்கியது. எனவே, அறியப்பட்ட கட்டமைப்புகள் மற்றும் அறியப்படாத மடிப்பு வழிமுறைகளைக் கொண்ட புரத ஹோமோடைமர்களுக்கு மடிப்பு வழிமுறைகளை ஒதுக்க மாதிரியைப் பயன்படுத்தினோம். இந்த பயிற்சியானது, மடிப்பு சோதனைகள் மூலம் மேலும் சரிபார்ப்பதற்கான அறியப்படாத மடிப்பு பொறிமுறையுடன் கணிக்கப்பட்ட ஹோமோடைமர் கட்டமைப்புகளுக்கான கட்டமைப்பை வழங்குகிறது. CART மாதிரியானது அனைத்து (169) ஹோமோடைமர் கட்டமைப்புகளுக்கு (169) மடிப்பு வழிமுறைகளை ஒதுக்க முடிந்தது (தெரியாத மடிப்பு தரவுகளுடன்) அதன் தானாக வலுவான கற்றல் திறன்கள் கைமுறையாக உருவாக்கப்பட்ட முடிவு மாதிரியைப் போலன்றி சில கட்டமைப்புகளை ஒதுக்காமல் விட்டுவிட்டன.