ஜர்னல் ஆஃப் புரோட்டியோமிக்ஸ் & பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்
திறந்த அணுகல்
ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 0974-276X
ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 0974-276X
போரிஸ் சைபைலோவ், குப்பன் கோகுலன், ஜடோன் வைஸ், ரமணகௌடா ரமணகவுடர்-போஜப்பா, அலிசியா கே. பைர்ட், கலினா கிளாஸ்கோ, மிஹிர் ஜெய்ஸ்வால், சாமுவேல் மெக்கிண்டோஷ், கோட்டையில் ஐ. வருகீஸ் மற்றும் கெவின் டி. ரானே
புரதம்-புரத தொடர்புகளை வரையறுப்பது ஒரு சவாலான பிரச்சனை மற்றும் குறுக்கு இணைப்பு ஒரு நம்பிக்கைக்குரிய தீர்வாகும். இங்கே, மைட்டோகாண்ட்ரியல் சிங்கிள் ஸ்ட்ராண்ட் பைண்டிங் புரோட்டீன் ரிம் 1 மற்றும் ஹெலிகேஸ் பிஃப்1 ஆகியவற்றின் வழக்கை நாங்கள் முன்வைக்கிறோம், இது பிஃப்1 தூண்டில் பயன்படுத்தி ஈஸ்ட் செல்களிலிருந்து இம்யூனோ-அஃபினிட்டி புல்-டவுனில் முதலில் காணப்பட்டது. சுருக்கமான succinimidyl-diazirine crosslinker அல்லது formaldehyde மட்டுமே மறுசீரமைப்பு Rim1 மற்றும் Pif1 ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான தொடர்பைக் கைப்பற்றியதைக் கண்டறிந்தோம். கூடுதலாக, Pif1 அதன் N-டெர்மினல் மற்றும் C-டெர்மினல் டொமைன்களை அகற்ற வேண்டும், மேலும் Rim1 இன் C-டெர்மினஸ் குறுக்கு-இணைக்கப்பட்ட தயாரிப்பு தெரியும்படி மாற்றியமைக்கப்பட வேண்டும். எங்கள் அறிக்கை அற்பமான பகுப்பாய்விற்கு ஒரு எடுத்துக்காட்டு, இதில் முன்னர் அடையாளம் காணப்பட்ட நிலையான தொடர்பு குறுக்கு-இணைக்கும் முகவர்களுடன் ஆரம்ப பிடிப்பிலிருந்து தப்பிக்கிறது மற்றும் மறுசீரமைப்பு புரதங்களில் கணிசமான மாற்றங்கள் மற்றும் குறுக்கு இணைப்புகளுக்கான மாஸ் ஸ்பெக்ட்ரோமெட்ரி அடிப்படையிலான முறைகளை நன்றாகச் சரிசெய்ய வேண்டும். கண்டறியக்கூடியதாக ஆக.
குறுக்கு-இணைக்கப்பட்ட பெப்டைட்களைக் கண்டறிய உயர் தெளிவுத்திறன் மாஸ் ஸ்பெக்ட்ரோமெட்ரியைப் பயன்படுத்தினோம். 15N மற்றும் 14N-லேபிளிடப்பட்ட Rim1 ஆகியவற்றின் 1:1 கலவையானது, LC-MS சுயவிவரங்களில் அவற்றின் வெகுஜன மாற்றத்தின் மூலம் குறுக்கு இணைப்புகளை சரிபார்க்க பயன்படுத்தப்பட்டது. Rim1 இல் இரண்டு தளங்கள் உறுதிப்படுத்தப்பட்டன: 1) N-டெர்மினஸ் மற்றும் 2) K29 எச்சம். K29A மாறுபாட்டுடன் குறுக்கு-இணைப்பைச் செய்வது குறுக்கு-இணைக்கப்பட்ட தயாரிப்பைக் குறைக்கிறது. மேலும், K29A-Rim1 ஆனது காட்டு-வகை Rim1 உடன் ஒப்பிடும்போது ஒற்றை இழை DNA உடன் ஐந்து மடங்கு குறைவான தொடர்பைக் காட்டியது. K29A மாறுபாடு மற்றும் காட்டு வகை Rim1 இரண்டும் Pif1 ஹெலிகேஸ் செயல்பாட்டின் ஒரே அளவிலான தூண்டுதலைக் காட்டியது. Pif1-Rim1 தொடர்புகளின் கட்டமைப்பு மாதிரிகளை நாங்கள் முன்மொழிகிறோம் மற்றும் அதன் செயல்பாட்டு முக்கியத்துவத்தைப் பற்றி விவாதிக்கிறோம். எங்கள் பணியானது அற்பமான புரத-புரத இடைமுக பகுப்பாய்வைக் குறிக்கிறது மற்றும் குறுகிய மற்றும் குறிப்பிட்ட குறுக்கு இணைப்புகளின் பயன்பாட்டை நிரூபிக்கிறது.