ஜர்னல் ஆஃப் புரோட்டியோமிக்ஸ் & பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

வரிசைப்படுத்தப்பட்ட பாக்டீரியா மற்றும் தொல்பொருள் மரபணுக்களுக்கான துல்லியமான ஜீனோமிக் தீவு கணிப்பு முறை

டோங்ஷெங் சே, ஹான் வாங், ஜான் ஃபசெகாஸ் மற்றும் பெர்னார்ட் சென்

ஒரு மரபணு தீவு (GI) என்பது ஒரு புரவலன் மரபணுவில் உள்ள ஒரு மரபணுப் பிரிவாகும், மேலும் இது நன்கொடை மரபணுக்களிலிருந்து மாற்றப்பட்டது. மரபணு தீவுகள் (GIs) பொதுவாக நோய்க்கிருமி மரபணுக்கள் போன்ற முக்கியமான மரபணுக்களைக் கொண்டிருப்பதால், GI களைக் கண்டறிவது மருத்துவ ஆராய்ச்சி மற்றும் தொழில்துறை பயன்பாடுகளுக்கு மிகவும் முக்கியமானதாகிறது. முந்தைய கணக்கீட்டு GI கண்டறிதல் கருவிகள் ஒன்று அல்லது சில GI-தொடர்புடைய அம்சங்களைப் பயன்படுத்தின, இதனால் அவை குறைந்த கணிப்புத் துல்லியத்தின் சிக்கலைச் சந்தித்தன. GI கணிப்புத் துல்லியத்தை மேம்படுத்த பல ஆதாரங்களைப் பயன்படுத்தும் முறையான அணுகுமுறை, எனவே, அதிக தேவை உள்ளது. இந்தத் தாளில், GI கண்டறிதலுக்கான துல்லியமான மென்பொருள் கருவியான Genomic Island Hunter (GIHunter) வளர்ச்சியைப் பற்றி நாங்கள் தெரிவிக்கிறோம். GIHunter என்பது ஒரு முடிவு மர அடிப்படையிலான பேக்கிங் மாதிரியாகும், இது வரிசை அமைப்பு, மொபைல் மரபணு தகவல் மற்றும் ஒருங்கிணைப்பு போன்ற எட்டு GI-தொடர்புடைய அம்சங்களைப் பயன்படுத்துகிறது. எங்கள் அணுகுமுறைக்கும் தற்போதைய தற்போதைய ஜிஐ கணிப்பு முறைகளுக்கும் இடையிலான செயல்திறன் அளவீட்டு ஒப்பீடு, மற்ற அணுகுமுறைகளை விட எங்கள் அணுகுமுறை மிகவும் துல்லியமானது என்பதைக் காட்டுகிறது. 2000 க்கும் மேற்பட்ட புரோகாரியோடிக் மரபணுக்களில் GI களைக் கணிக்க GIHunter ஐப் பயன்படுத்தியுள்ளோம். எங்களின் கணிக்கப்பட்ட GIகளை நாங்கள் காட்சிப்படுத்தியுள்ளோம், இதனால் எங்களின் கணிக்கப்பட்ட முடிவுகள் உயிரியல் மருத்துவ ஆய்வுகளுக்கு பயனுள்ளதாகவும் அர்த்தமுள்ளதாகவும் மாறும். எங்கள் GI நிரல் GIHunter ஐ இங்கே பெறலாம்: http://www.esu.edu/cpsc/che_lab/software/GIHunter. எங்கள் GI கணிப்பு முடிவுகள் எங்கள் மரபணு தீவுகளின் தரவுத்தளத்தில் கிடைக்கின்றன, இது: http://www5.esu.edu/cpsc/bioinfo/dgi.