ஜர்னல் ஆஃப் கிளினிக்கல் அண்ட் செல்லுலார் இம்யூனாலஜி
திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

வடமேற்கு இந்தியாவின் அதிக ஆபத்துள்ள குழுக்களிடையே எச்.ஐ.வி பரவும் முறையின் பைலோஜெனோமிக் பகுப்பாய்வு

சந்தர் காந்தா சவுகான், பிவிஎம் லக்ஷ்மி1, புலேன் சர்மா, விவேக் சாகர், அமன் ஷர்மா, சுனில் கே.அரோரா, ராஜேஷ் குமார்*

பின்னணி: மூலக்கூறு நுட்பங்கள் எச்.ஐ.வி பரவும் நெட்வொர்க்குகளைக் கண்டறிவதற்கான தொற்றுநோயியல் ஆய்வுகளின் சக்தியை மேம்படுத்தலாம். எச்.ஐ.வி பரவுவதைத் தடுப்பதற்கான உத்திகளை உருவாக்க இந்தத் தகவல் பயனுள்ளதாக இருக்கும். எனவே, பைலோஜெனோமிக் முறைகளைப் பயன்படுத்தி வட-மேற்கு இந்தியாவின் உயர்-அபாயக் குழுக்களில் (HRGs) புதிதாக கண்டறியப்பட்ட HIV நோயாளிகளிடையே பரவும் முறைகள் பற்றிய ஆய்வை நாங்கள் மேற்கொண்டோம்.

முறைகள்: லிமிட்டிங் ஆன்டிஜென் அவிடிட்டி அஸ்ஸேயைப் பயன்படுத்தி சமீபத்திய தொற்று சோதனை அல்காரிதம் (RITA) மூலம் அடையாளம் காணப்பட்ட சமீபத்தில் பாதிக்கப்பட்ட HRG களின் தோராயமாக தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட 37 மாதிரிகளில் பைலோஜெனோமிக் பகுப்பாய்வு மேற்கொள்ளப்பட்டது. போல் மரபணுவின் (540 அடிப்படை ஜோடிகள்) தலைகீழ் டிரான்ஸ்கிரிப்டேஸ் பகுதியின் பெருக்கம் மற்றும் வரிசைப்படுத்தல் செய்யப்பட்டது. எச்.ஐ.வி லாஸ் அலமோஸ் தரவுத்தளத்திலிருந்து குறிப்பு வரிசைகள் பிரித்தெடுக்கப்பட்டன. க்ளஸ்டல் டபிள்யூ மற்றும் எச்ஐவி-1 துணை வகையால் சீரமைக்கப்பட்ட வரிசைகள், போல் வரிசையின் பைலோஜெனோமிக் பகுப்பாய்வின் அடிப்படையில் தீர்மானிக்கப்பட்டது. MEGA (பதிப்பு 11.0) ஐப் பயன்படுத்தி பைலோஜெனடிக் மரங்கள் கட்டப்பட்டன.

முடிவுகள்: ஆய்வு RTFSWCHD மற்றும் RTFSWPB007 கிளஸ்டரை தனிமைப்படுத்துகிறது மற்றும் இந்திய குறிப்பு வரிசைகளான AY746371 மற்றும் EU683781 மற்றும் நேபாள வரிசை KX430115 ஆகியவற்றுடன் தொடர்புடையது என்பதை பைலோஜெனி தெளிவாக சித்தரிக்கிறது. மற்ற ஆய்வு தனிமைப்படுத்தல்கள் (RTF01,CHRTF010 RTFSWCHD002, RTFSWPB006, RTFSWHR008, RTFSWHR009) மற்ற குறிப்புகளுடன் எந்த தொடர்பும் இல்லாமல் தங்களுக்குள் தனித்துவமாக தொகுக்கப்பட்டன. ஒரு ஆய்வு தனிமைப்படுத்தல் (RTFSWHP004) ஜிம்பாப்வியன் தனிமைப்படுத்தப்பட்ட AY998351 உடன் நெருக்கமாக உள்ளது. இந்திய குறிப்புகளுடன் (DQ838761, EU683781 மற்றும் AY746371) தனித்தனியாக MSMCHD005 கிளேட்களை ஆய்வு தனிமைப்படுத்துகிறது, ஆனால் சீனாவின் குறிப்புகளுடன் (HG421606, JQ658754), நேபாளம் (M303JN22303750), நேபாளம் (230JN6) JN223183, KC913773). மற்ற ஆய்வுத் தனிமைப்படுத்தல்கள் (MSMCHD003, MSMHP007, MSMCHD004, MSMPB001, MSMPB002 மற்றும் MSMHR006) தங்களுக்குள் மிகவும் ஒன்றோடொன்று தொடர்புடையவை மற்றும் தனித்தனியான கிளேடை ஒன்றாக உருவாக்குகின்றன. தற்போதைய ஆய்வின் அனைத்து வரிசைகளும் ஒரு மோனோபிலெடிக் பரம்பரையை உருவாக்கியுள்ளன என்பதை பரிணாம மரம் காட்டுகிறது. ஆய்வுத் தொடர்கள் நேபாளக் குறிப்புகளான KX430115 மற்றும் JN023035 ஆகியவற்றுடன் மட்டுமே தொடர்பைக் காட்டின. தென்னாப்பிரிக்கா, இங்கிலாந்து, நார்வே, சீனா மற்றும் மியான்மர் குறிப்புகள் தனித்தனி கிளேடாக தொகுக்கப்பட்டுள்ளன.

முடிவு: மூலக்கூறு தொற்றுநோயியல் முறைகள் பரிமாற்ற நெட்வொர்க்குகளை வெளிப்படுத்த முடிந்தது; எனவே, டிரான்ஸ்மிஷன் நெட்வொர்க்குகளை கண்காணிக்க எச்.ஐ.வி சென்டினல் கண்காணிப்பில் பைலோஜெனோமிக் முறைகள் பயன்படுத்தப்படலாம்.