ஐ.எஸ்.எஸ்.என்: 0974-276X
எரிகா பிளம்மர், ஜிம்மி ட்வின், டைட்டர் எம். புலாச், சுசான் எம். கார்லண்ட் மற்றும் செபர் என் தப்ரிஸி
குறிக்கோள் மற்றும் முறைகள்: பாரிய இணையான வரிசைமுறை 16S rRNA தரவுகளின் பகுப்பாய்விற்கு அதிநவீன உயிர் தகவலியல் குழாய்களின் பயன்பாடு தேவைப்படுகிறது. பல பைப்லைன்கள் கிடைக்கின்றன, இருப்பினும் ஒவ்வொரு பைப்லைனின் அம்சங்கள், நன்மைகள் மற்றும் தீமைகள் ஆகியவற்றை ஒப்பிட்டுப் பார்க்கும் வரையறுக்கப்பட்ட இலக்கியங்களே உள்ளன. இதனால், எந்த முறையைப் பயன்படுத்துவது என்பது பெரும்பாலும் தெளிவாகத் தெரியவில்லை. மிகவும் குறைமாத குழந்தைகளின் குழுவிலிருந்து சேகரிக்கப்பட்ட குடல் நுண்ணுயிர் வாசிப்புத் தரவைப் பயன்படுத்தி, 16S rRNA மரபணு பகுப்பாய்விற்கு பொதுவாகப் பயன்படுத்தப்படும் மூன்று பைப்லைன்களை ஒப்பிட்டுப் பார்த்தோம்: துணை அமைப்பு தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி மெட்டாஜெனோம் விரைவான சிறுகுறிப்பு (MG-RAST), நுண்ணுயிர் சூழலியல் பற்றிய அளவு நுண்ணறிவு மற்றும் (QIIIME) மற்றும். முதன்மையாக இயல்புநிலை அளவுருக்களைப் பயன்படுத்தி, மூன்று பைப்லைன்கள் வகைபிரித்தல் வகைப்பாடு, பன்முகத்தன்மை பகுப்பாய்வு மற்றும் பயன்பாட்டினை ஆகியவற்றின் அடிப்படையில் ஒப்பிடப்பட்டன.
முடிவுகள்: ஒட்டுமொத்தமாக, மூன்று பைப்லைன்களும் ஒரே மாதிரியான ஏராளமாக ஒரே பைலமைக் கண்டறிந்தன (P> 0.05). Enterobacteriaceae குடும்பத்தைச் சேர்ந்த, குறிப்பாக Enterobacter மற்றும் Klebsiella (முறையே P<0.0001 மற்றும் P=0.0026) இனங்களின் வகைபிரித்தல் வகைப்பாட்டின் அடிப்படையில் குழாய்களுக்கு இடையே வேறுபாடு காணப்பட்டது. மோதூர் மற்றும் MG-RAST உடன் ஒப்பிடும்போது QIIME உடன் பகுப்பாய்வு நேரம் விரைவாக இருப்பதைக் கண்டறிந்தோம் (முறையே 10 மணிநேரம் மற்றும் 2 நாட்களுடன் ஒப்பிடும்போது சுமார் 1 மணிநேரம்).
முடிவு: QIIME, mothur மற்றும் MG-RAST ஆகியவை ஒப்பிடக்கூடிய முடிவுகளைத் தருவதாகவும், 16S rRNA மரபணு வரிசைமுறைத் தரவை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கு எந்த பைப்லைன் அல்லது அல்காரிதம் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டாலும், மாதிரி கலவையின் நம்பகமான உயர்மட்ட கண்ணோட்டத்தை நீங்கள் உருவாக்கலாம் என்றும் இந்த ஆய்வு காட்டுகிறது. மல மாதிரிகளை பகுப்பாய்வு செய்தல். 16S ஆர்ஆர்என்ஏ மரபணு பகுப்பாய்வை இனம் மற்றும் இனங்கள் நிலை வகைப்பாட்டிற்குப் பயன்படுத்துவதற்கான முக்கிய வரம்பு என்னவென்றால், ஒரே மாதிரியான 16எஸ் ஆர்ஆர்என்ஏ மரபணு வரிசைகள் காரணமாக தொடர்புடைய பாக்டீரியா இனங்கள் பிரித்தறியப்படாமல் இருக்கலாம். 16S rRNA மரபணு வரிசைமுறை தரவை பகுப்பாய்வு செய்யும் போது இதை மனதில் கொள்ள வேண்டியது அவசியம்.